Margininkų kaimo medinė koplyčia pastatyta apie 1866-1871 m. Joje švęsti Šv. Jurgio, Švč. Mergelės Marijos Škaplierinės ir Angelų Sargų atlaidai. 1923 m. Margininkams suteiktos parapinės teisės, todėl 1924 m. koplyčia buvo suremontuota ir pertvarkyta į bažnyčią.
Bažnyčia itin kompaktiško tūrio, liaudies architektūros formų, su trisiene apside ir bokšteliu. Pietiniame šone yra zakristija, kuri 1962 m. buvo praplėsta iki pagrindinio fasado. Šio fasado viršų užbaigia trapecinis frontonas su tradicinei medinei kaimo architektūrai būdingu čiukuro formos stogeliu. Virš jo stūkso šešiasienis bokštelis su varpo formos stogeliu ir XIX a. nukaltu ornamentuotu kryžiumi. Kitame stogo gale virš presbiterijos – aukštas, laibas postamentas su antruoju ornamentuotu kryžiumi. Bažnyčios sienos vertikaliai apkaltos lentomis su stačiakampėmis langų ir durų angomis, bokšto dekoratyvūs langeliai – kvadrato formos su sandrikų imitacijomis virš jų. Bažnyčios ir bokštelio stogai apskardinti.
Salinio plano pseudobazilikinės erdvės pastato vidus suskaidytas į tris navas. Vidurinė gerokai aukštesnė ir platesnė už šonines. Iki 1962 m. čia buvo savitas dviejų vargonų choras. Didysis altorius paprastas, kuklių barokinių formų. 1970 m. bažnyčia vėl buvo atnaujinta. Jos vidų dekoravo vietos dailininkė J. Slyvauskaitė.
Bažnyčia su šalia esančia varpine sukuria vieną originaliausių liaudiškų sakralinių pastatų ansamblį. Margininkų bažnyčios medinė varpinė, pastatyta pagal klebono P. Marcinkevičiaus projektą, neturi analogų Lietuvos sakralinėje architektūroje. Trijų tarpsnių varpinė, kaip ir būdinga liaudiško stiliaus medinėms varpinėms, turi gerokai platesnį pirmąjį tarpsnį, tačiau virš siauresnio antrojo tarpsnio, seka vėl už jį platesnis trečiasis. Jame įrengti įstiklinti langai ir duris primenančios stačiakampės garsinės angos.
Margininkų bažnyčia stovi lygioje vietovėje, apsupta gyvenamųjų namų. Kuklaus dydžio šventorius neaptvertas tvora – tai neįprasta ne tik Suvalkijoje, bet ir visoje Lietuvoje. Už šventoriaus stovi daili vienaukštė klebonija, pastatyta 1924 m.
Margininkų bažnyčia ir varpinė - Švč. M. Marijos Škaplierinės bažnyčia, 1936, Margininkai, Taurakiemio seniūnija, Kauno rajono savivaldybė, Kauno apskritis, Lietuva
