Первый костел в Пренай был возведен еще в начале XVII в., при нем действовала приходская школа.
Нынешний деревянный костел был построен в 1750 г., позднее – в 1875 г. – костел был переделан, расширен. Здание в стиле барокко отличается характерной для барочных костелов планировкой: основной объем в плане греческого креста, у костела две башни, две боковые часовни и две ризницы. Центральную часть основного фасада, заканчивающуюся треугольным фронтоном и башенкой, обрамляют две трехъярусных башни, украшенные куполами в стиле барокко. Крыша крыта жестью, башенки над выступами трансепта и над апсидой увенчаны куполами барочного силуэта с орнаментальными крестами. Средний неф шире и выше боковых нефов, которые отделены от него аркадами спаренных столбов.
Интерьер изобилует характерными для деревянных костелов элементами изобразительного декора – ими украшены карнизы, окантовка потолка, аркады. Сейчас в костеле пять алтарей: Трех Волхвов, Святого Иуды Фаддея, блаженного архиепископа Юргиса Матулайтиса, Вознесения Пресвятой Девы Марии и Святого Антония. В течение долгих лет существования костела не раз менялось количество алтарей и их титулы. Еще в XVIII в. костел носил титул Вознесения Пресвятой Девы Марии, а образ Пресвятой Девы Марии, написанный в 1767–1769 годах для основного алтаря, ныне находится в боковой часовне. Об этом свидетельствует и сохранившаяся на втором ярусе основного алтаря скульптурная группа Святой Троицы, держащая корону, предназначенную для коронования находящейся ярусом ниже Пресвятой Девы Марии. Это типичная схема расположения, характерная для европейской живописи в стиле барокко.
В 1885 г. храм получил имя Богоявления Господня, позднее к основному алтарю была перенесена картина «Поклонение волхвов» в стиле раннего классицизма, которая, несмотря на свою историческую ценность, нарушает иконографическое единство храма.
Алтари в стиле позднего барокко дополнены скульптурами второй половины XVIII в. Большинство из них создано одним и тем же автором, поэтому они гармонично вписываются в иконографическую программу. Особую ценность представляют скульптуры Святых Петра и Павла, Святого Казимира, Святого Иоанна Кантия, Архангелов Гавриила и Рафаила. В интерьере костела, выдержанном в стиле позднего барокко, обращает на себя внимание гармоничное сочетание декоративной алтарной резьбы с амвоном и органом в стиле рококо.
Информация